Didirikan pada 1 Juli 1969, lembaga TK Katolik Sang Timur Yogyakarta lahir oleh karena kebutuhan masyarakat yang membutuhkan pendidikan untuk anak usia dini. Para Suster Sang Timur menjawab kebutuhan masyarakat terutama warga sekitar kompleks Susteran Sang Timur (Pandeyan dan sekitarnya). Suster-suster Sang Timur menanggapi kebutuhan ini dengan mendirikan TK Katolik Sang Timur dan menyatu dengan gedung SDK Sang Timur yang telah lebih dulu ada sejak 1962.Pada awal berdirinya TK Katolik Sang Timur Yogyakarta terdapat dua kelas layanan, TK Kecil dan TK Besar atau kelas nol kecil dan kelas nol besar yang umum disebut pada waktu itu.

Seiring dengan kebutuhan masyarakat untuk layanan pendidikan anak usia dini dengan rentang usia 3-4 tahun, pada tahun pelajaran 2008/2009 dibuka layanan baru yaitu KB Katolik Sang Timur Yogyakarta pada 4 Agustus 2008. Dengan demikian lembaga PAUD Katolik Sang Timur Yogyakarta menjadi semakin berkembang dan berkomitmen kuat dalam melayani kebutuhan masyarakat untuk pendidikan anak usia dini sesuai dengan perkembangan zaman.

Menanggapi dinamika kehidupan keluarga modern, ketika kedua orang tua harus bekerja sepanjang hari PAUD Sang Timur Yogyakarta membuka layanan baru yaitu Daycare atau Taman Penitipan Anak (TPA) Katolik Sang Timur sejak 1 September 2014. Hal ini dilakukan untuk beradaptasi dengan tren yang berkembang sekaligus menjawab kebutuhan para keluarga muda yang membutuhkan pengasuhan dan pendidikan bagi putera-puterinya selama bekerja.

Pada 28 Agustus 2020 (bertepatan dengan pesta nama St. Agustinus) KB-TK-Dayacare Katolik Sang Timur menempati gedung baru di sayap utara komplek Sang Timur Yogyakarta. Dengan demikian Lembaga PAUD Katolik Sang Timur Yogyakarta semakin berkomitmen dalam meningkatkan layanan yang prima.